Il 23 marzo 2007 Schettino è nella IV sezione civile, impegnato in camera di consiglio nel nuovo palazzo di giustizia di Napoli, al Centro Direzionale. Il trasloco dalla vecchia sede è recente e il giudice quel giorno si siede su una sedia malmessa, forse rovinata proprio dal recente trasloco. Fatto sta che la seduta esce dal suo alloggiamento e Schettino si ritrova di colpo a terra. Il risultato è una dolorosa e invalidante ernia. Segue una lunga trafila con l‘Inail e con il Tar, che alla fine decide per il risarcimento milionario, come scrive il Corriere della Sera:
Schettino si assenta dunque dal servizio, per congedo straordinario e successiva aspettativa, dal 24 marzo al 18 giugno 2007, quando l’Inail lo dichiara «guarito con postumi». Il 24 luglio 2007 la medesima Inail accerta un’invalidità del 30%. Il 15 giugno 2009 il ministero della Giustizia riconosce al magistrato la seguente patologia, dipendente da causa di servizio: «Esiti di trauma distorsivo del rachide lombare produttivo di ernia discale con impegno radicolare e rigidità del tratto dorso-lombare». Nel 2010 la toga chiede ed ottiene di andare in pensione. Nel 2012 si rivolge al tar. Chiede 116.838 euro a titolo di danno biologico; 33.883 euro come «aumento personalizzato»; 50.000 euro per il danno esistenziale; 2.410 euro quale «lucro cessante per le decurtazioni stipendiali subite nei periodi di assenza dal servizio per malattia». Totale: circa 200.000 euro. Il ministero della Giustizia si oppone.
Il 12 febbraio 2014 i giudici della I sezione del Tar – presidente Cesare Mastrocola, consiglieri Pierluigi Russo e Carlo Dell’Olio – stabiliscono che effettivamente Schettino ha diritto ad un sostanzioso risarcimento. In particolare, argomentano, «va riconosciuta la somma richiesta, pari ad euro 116.838 a titolo di danno permanente da lesioni alla integrità psicofisica, corrispondente al 30% di invalidità, in relazione all’età dell’interessato, alla stregua delle tabelle del 2011 elaborate dal Tribunale di Milano».