Abelardo compone per Eloisa struggenti poesie d’amore che giungono all’orecchio dei suoi studenti e si diffondono in tutta Parigi, diventando popolarissime grazie “alla dolcezza delle parole e alla bellezza del ritmo musicale”. Fulberto, aperti finalmente gli occhi, caccia subito di casa Abelardo. Ma Eloisa rimane incinta. Quando lo comunica, per lettera, ad Abelardo, questi decide di portarla via con sé. Approfittando di un’assenza di Fulberto, Abelardo rapisce Eloisa e la conduce al paese natale di Pallet, in Bretagna, ospitandola nella casa di famiglia. Qui, alla fine dell’anno 1116 partorisce un figlio, al quale viene dato il nome di Astrolabio (rapitore delle stelle).
Abelardo, sentendosi in colpa, decide di riparare il male che pensa di aver fatto a Fulberto. Si dichiara disposto a sposare Eloisa, a condizione che il matrimonio rimanga segreto per non danneggiare la sua carriera. Egli infatti non è solo docente, ma è anche chierico, perciò non può sposarsi.
Eloisa è contraria al matrimonio perché avrebbe danneggiato Abelardo: «quante lacrime verserebbero coloro che amano la filosofia a causa del matrimonio… cos’hanno in comune le lezioni dei maestri con le serve, gli scrittoi con le culle, i libri e le tavolette con i mestoli, le penne con i fusi? Come può chi medita testi sacri e filosofici sopportare il pianto dei bambini, le ninne nanne delle nutrici, la folla rumorosa dei servi? I ricchi possono sopportare queste cose perché hanno palazzi e case con ampie stanze appartate, perché la loro ricchezza non risente delle spese e non è afflitta dai problemi quotidiani».
Tuttavia, tornati a Parigi, Eloisa e Abelardo si sposano in presenza di Fulberto e di pochi amici, senza rivelare pubblicamente il matrimonio, ma presto la famiglia di Eloisa divulga la notizia. I due negano subito il fatto, ma per evitare scandali Abelardo manda Eloisa nel monastero di Argenteuil dove era stata educata. I parenti pensano che Abelardo abbia costretto Eloisa a farsi monaca per liberarsi di lei e decidono di vendicarsi: una notte, mentre Abelardo dorme nella sua casa, tre uomini lo aggrediscono e lo castrano. In seguito due di essi verranno catturati e, secondo la legge del taglione, accecati ed evirati a loro volta, mentre Fulberto, il mandante dell’aggressione, verrà solo sospeso dai suoi incarichi.
Da questo momento le loro strade si separeranno e i due amanti non si rivedranno mai più. Due drammi paralleli si svolgeranno insieme: Eloisa prende i voti e trascorre il resto della sua vita in convento; Abelardo, diventato eunuco, ritorna alla sua vita accademica ed ecclesiale. Eloisa avrà comunque un atteggiamento completamente diverso rispetto a quello del suo amato, il quale, nonostante due condanne da parte della Chiesa per le sue idee teologiche, godrà comunque la fama di grande maestro.
Abelardo compie un gesto di grande generosità verso le monache del chiostro di Argenteuil, tra cui è Eloisa, che sono state sfrattate dal vescovo di Saint Denis, donando loro un eremo che egli ha costruito con le sue mani usando canne e arbusti cui dà il nome di Parà clito (ossia Spirito Santo).
Quando Abelardo è ancora abate di Saint Gildas, in Bretagna, capita per caso nelle mani di Eloisa una sua lettera in cui narra a un amico le proprie sventure. Eloisa gli scrive ricordandogli i tempi della loro passione, che in lei non si è mai spenta, gli grida il suo amore che arde come allora. Gli ricorda: «Non ho voluto soddisfare la mia volontà e il mio piacere, ma te e il tuo piacere, lo sai bene». Abelardo rimane profondamente turbato, scosso da questa novità inattesa. Egli ormai trova conforto solo nei grandi successi nel campo culturale. Le risponde: «Io adesso sono circondato anche nell’anima», indicandole la preghiera come unico rimedio alla tempesta dei sensi.