La prima squadra di Hernanes è stata l’Unibol Pernambuco, un piccolo club della sua città. Nel 2001 viene tesserato dal San Paolo, entrando a far parte del settore giovanile. Esordisce in prima squadra nel 2005, disputando dodici partite impreziosite da tre gol, giostrando da esterno sinistro di centrocampo.
L’anno successivo viene girato in prestito al Santo André. Tornato al club Tricolor nel 2007, viene impostato come centrocampista centrale dall’allenatore Muricy Ramalho e riesce a conquistare un posto da titolare, complice anche la cessione dei mediani Josué e Mineiro.
La sua stagione è da incorniciare: gioca trentanove partite, segna quattro gol e vince il campionato, venendo pure giudicato miglior centrocampista del Brasileirão. Nel Marzo del 2008 è stato convocato dalla Nazionale brasiliana, esordendo contro la Svezia.
Nello stesso anno si aggiudica per la seconda volta consecutiva sia il campionato che la Bola de Prata.
Ha conquistato la medaglia di bronzo alle Olimpiadi di Pechino del 2008, segnando il gol decisivo nella partita d’esordio contro il Belgio.
Nel 2008 il suo club ha rifiutato un’offerta di dodici milioni da parte del Barcellona, valutandolo venticinque
