Non è stato convocato dal CT Milovan Rajevac per la Coppa d’Africa 2010 per punizione: il 18 novembre 2009 infatti Muntari non rispose a una chiamata dell’allenatore ghanese in vista di una partita amichevole perché riteneva più importanti i suoi impegni con l’Inter; lo stesso suo comportamento era stato tenuto anche dai compagni Michael Essien e Kwadwo Asamoah che però, a differenza del nerazzurro, si pentirono pubblicamente del gesto.
Ha partecipato al Campionato mondiale di calcio 2010, segnando un gol nei quarti di finale, per il momentaneo vantaggio contro l’Uruguay, che non si è rivelato decisivo per le sorti del Ghana, sconfitto poi ai calci di rigore. Nel settembre del 2010, iniziate le qualificazioni alla Coppa delle Nazioni Africane 2012, viene nuovamente escluso dalle convocazioni per motivi disciplinari.